Różne choroby bakteryjne mogą u pacjenta wywoływać podobne objawy, co może utrudniać wybór właściwego leczenia. W razie wątpliwości co do przyczyny zakażenia lekarz może zadecydować o skierowaniu pacjenta na specjalne badania bakteriologiczne. Dzięki nim można stwierdzić obecność i rozpoznać bakterie odpowiedzialne za objawy. Do badań pobierane są próbki biologiczne m.in. moczu, krwi, kału, plwociny, śliny, wydzieliny z nosa, gardła, pochwy, jam surowiczych, ropni, owrzodzeń, przetok i innych miejsc w zależności od wskazań lekarza. Testy wykonuje się w sytuacjach wskazujących na infekcję bakteryjną.
W pierwszym etapie badania bakteriologicznego niezbędne jest pobranie materiału biologicznego w odpowiedni sposób. Niekiedy próbkę można pozyskać i zabezpieczyć samodzielnie w domu np. pobranie próbki moczu lub kału. W innych przypadkach pobranie materiału musi zostać przeprowadzone przez pielęgniarkę lub lekarza. Po pobraniu próbki dalsze badanie bakteriologiczne odbywa się w laboratorium i składa się z kilku etapów, które obejmują posiew pobranego materiału na specjalne podłoże, identyfikację bakterii oraz badanie jej wrażliwości na antybiotyki, tzw. antybiogram.
Po uzyskaniu wyniku należy skonsultować się z lekarzem zlecającym badanie, który omówi dalsze postępowanie i w razie wskazań do antybiotykoterapii dobierze odpowiedni antybiotyk. Badanie bakteriologiczne umożliwia nie tylko identyfikację bakterii, która powoduje objawy u pacjenta, ale pozwala także na celowane leczenie przeciwbakteryjne, w sytuacjach, gdy dobór takiego leczenia jest konieczny dla zapewnienia pacjentowi szybkiego powrotu do zdrowia.